26 апреля 1709 года Таганрог в последний раз в своей жизни посетил Пётр I. На этот раз он пробыл в городе месяц и отсюда отправился в русскую армию под Полтаву, где вскоре и произошло решающее сражение со шведами. В Таганроге же царь вникает в ход строительства крепости и гавани. Меншикову он с удовольствием пишет: «…Сие место, которое пред десяти летами пустое поле видели (чему сами сведомы), ныне, с помощью божиею, изрядный город купно с гаваном обрели и хотя где долго хозяин не был, и не все исправно, однако ж есть на что посмотреть».
Петру было чем гордиться – за одиннадцать лет на пустом мысу вырос настоящий город, где было 200 каменных зданий, 1357 жилых домов с населением в десять тысяч человек. В крепости располагался гарнизон в несколько тысяч человек, на вооружении которого было 238 пушек. А гавани стояло 10 военных кораблей, вооружённых 360 пушками, с командой в 1500 человек
Царь лично трижды выходит на лёгких судах до реки Mиyca, дабы отыскать удобное место для устройства корабельной верфи. Но так ничего подходящего найти не удаётся. Тогда Пётр приказывает строить линейные корабли на берегу Троицкой гавани, спускать их в воду и приводить на камелях в море, и если это окажется возможным, то перевести сооружение судов в Таганроге. 20 мая он получает известие от посла в Турции, что такой необходимый мир с султаном удалось заключить. По этому случаю в Троицкой церкви служится торжественное молебствие при троекратной пальбе с крепости и флота.
В письмах к губернатору И.А. Толстому Пётр I остерегает его беречь новую крепость: «Изволь в том, от чего Боже сохрани под нынешние часы, осторожность учинить, как в Азове, так наипаче в Таган-Рогу, к обороне того места. Сам, ваша милость, сведом, каково туркам Таганрог».
Там же в Таганроге, дабы ознаменовать окончание строительства гавани, верфи и города, Пётр I отдаёт распоряжение изготовить памятную медаль. В письме от 23 мая он писал Ф. М. Апраксину: «Изволь приказать сделать Матвею Симонтову монету золотую с каменьями, ценою в ста три, и на одной стороне чтобы была наша персона, а на другой — гаван здешний, и подпись тут, что дана ему за труды гавана».
И медаль была изготовлена – на ее лицевой стороне действительно был изображён лик Петра I, а на оборотной стороне – план крепости и гавани Таганрога, дата «1709» и надпись «ЗА ДЕЛО ГАВАНИ КАПИТАНУ МАТВЕЮ СИМОНТОВУ»…
Ещё, пребывая в Таганроге, царь подготовит«Рассуждение об учреждении здешнего моря и флота», в котором он делает назревший вывод, что без углубления дна и кораблестроительных верфей, «сей город и гавань без всякого надобного действа будут». А также даёт практические указания: «Летом внутри всего гавана, кругом, уступя от стен с сажень или побольше, бить сваи и набить меж оных и стеною глины или иловатой земли. Потом, дождавшись осени, когда… выдувает воду из гавани, вдруг запереть ворота такими же сваями и глиною, и потом дастальную воду, чего ветром не выдует, выливать машинами и, вылив, копать надлежит от десяти до тринадцати фут земли, дабы и в малую воду великим кораблям возможно было без вреда в гавани стоять».
В следующем 1710 году на верфях и в гавани, по указаниям Петра, закипит работа солдат, пушкарей и рабочих. Гавань будет углублена с помощью чистительных машин.
В конце мая Пётр покидает Таганрог и больше никогда сюда не вернётся. Уже в 1711 году город будет разрушен до основания, а территория передана туркам по условиям унизительного мирного договора.